Plukovník Abe Ellis přilétá na Atlantis s novou pozemskou lodí Apollo. Pořídili totiž snímky rozestavěných replikátorských lodí, které určitě staví k útoku na Atlantis. V tom se jim musí zabránit, a tak je naplánován útok jadernými bombami. Ten je úspěšný, jenže poté na orbitu planety, kde je ztracené město Atlantis, přilétá satelit, jenž má i hvězdnou bránu. Ta se aktivuje a skrz ni je na Atlantis vyslán silný energetický paprsek. Město okamžitě aktivuje štíty, ty ale věčně nápor nevydrží...