Magické hlubiny II mapují v sedmi tematicky vymezených dílech nejen nejrůznější vodní plochy, ale inspirují se zároveň fenomény, které s životem pod hladinou úzce souvisí. Například světlo a stín, zánik a záchrana nebo civilizace a divočina. Prostor v celé sérii má i výzkum invazních druhů a pojmenování změn v současném ekologickém myšlení. Tvůrci tak otevírají otázky, co je vlastně žádoucí rovnováha nebo jak se do vodních světů promítá klimatická změna. Zamýšlí se i nad tím, zda existuje naděje pro české vody a co lze dělat pro záchranu či obnovu míst s vysokou biodiverzitou.