Er Lauren rent faktisk stendød? Hvilken forfærdelig hemmelighed gemmer Sydneys far på? Der er som sædvanlig flere spørgsmål end svar i Alias årgang 4, der følger op på den lidt utilfredsstillende tredje årgang ved at vende tilbage til rødderne og starte sæsonen med en håndfuld solide action-episoder af den slags, der gjorde serien til et hit i første omgang. Det starter med, at Sydney forlader CIA for at arbejde for en ny tophemmelig organisation kaldet APO; Authorized Personnel Only.