I femte og sidste sæson af Steven Spielbergs nervepirrende science-fiction serie står mennesker og rumvæsner overfor den sidste og afgørende kamp. Tom Mason har forsøgt at redde sin søn Ben, der blev bortført som mange andre børn. Sammen med kaptajn Weaver udfordrer Tom nu den herskende elite i en kamp om magten over jorden. Weaver får chokerende nyt af en gammel ven, hvilket tvinger ham til at træffe en afgørende beslutning med hensyn til 2nd Mass' fremtid. Maggie og Isabella er nødt til at samarbejde. Tom forbereder et flugtforsøg.