I femte og sidste sæson af Steven Spielbergs nervepirrende science-fiction serie står mennesker og rumvæsner overfor den sidste og afgørende kamp. Tom Mason har forsøgt at redde sin søn Ben, der blev bortført som mange andre børn. Sammen med kaptajn Weaver udfordrer Tom nu den herskende elite i en kamp om magten over jorden. Tom støder på et magtfuldt våben, der kan få betydning i kampen mod Espheni. Ben risikerer sit liv for at få adgang til information om fjenden. 2nd Mass må analysere situationen, efter at en uventet gæst er dukket op.