Ein Jahr nach der Schwarzen Rebellion hat Lelouch Lamperouge sein normales Schulleben wieder aufgenommen, ohne sich an das vergangene Jahr zu erinnern. Nachdem er den Sportunterricht geschwänzt hat, macht er sich mit seinem jüngeren Bruder Rolo auf, um im Turm von Babel zu spielen. Angeführt von Urabe und C.C. startet der Orden der Schwarzen Ritter derweil einen Angriff, um Lelouch zurückzuholen.