Navy Captain Jake Marsden wird tot in einem Hotelzimmer aufgefunden. Doch wie Gibbs (Mark Harmon) und sein Team herausfinden, hat es der Killer eigentlich auf seine Partnerin Lieutenant Emma Reynolds abgesehen, die jetzt unter Schutz des NCIS steht. Sie ist hochschwanger und erwartet ein Kind von einem mittlerweile verstorbenen Freund aus Afghanistan.