Las secuelas del Levely y la Incursión en Onigashima, así como la destrucción del Reino de Lulusia, provocan grandes cambios en el mundo que podrían desembocar en una guerra global. Los Piratas del Sombrero de Paja, siguiendo su Log Pose, llegan a la misteriosa y futurista isla Egghead, donde reside el supergenio Dr. Vegapunk. Sin embargo, tras recibir información sobre la investigación de Vegapunk en el Siglo del Vacío, el Gobierno Mundial decide enviar un equipo CP0 para asesinarlo. La traición y la intriga por todos lados conducen a un asedio de los Marines a la isla que derivará en un incidente que conmocionará al mundo.