Antes del juicio de la clase, después de que Byakuya ha investigado a Makoto sobre la habitación de Kyoko, Kyoko le dice a Makoto que la llave que encontró es una llave maestra que puede abrir cualquier puerta de la escuela. Cuando comienza el juicio, Byakuya acusa a Kyoko, quien no tiene coartada para la muerte de Mukuro, mientras curiosamente saca pruebas que efectivamente niegan la coartada de Makoto. Al creer que la causa de la muerte de Mukuro es un golpe en la parte posterior de la cabeza, Byakuya deduce que el arma era una flecha de acero encontrada en un armario dojo, cuya llave fue descubierta en la habitación de Kyoko. Aunque esto parece estar en contradicción con el hecho de que Byakuya tenía la llave de la habitación de Kyoko todo el tiempo, Makoto considera la posibilidad de que Kyoko podría haber usado la llave maestra que le robó a Monokuma. Al darse cuenta de su desesperación por no ser encontrada culpable, Makoto decide depositar su fe en Kyoko y no exponerla, en cambio cuestiona la extraña naturaleza del juicio. Sin embargo, Monokuma repentinamente declara un abrupto final del juicio, declarando a Makoto como el culpable y decidiendo ejecutarlo. Antes de que Makoto pueda ser matado por una trituradora, un virus dejado por Alter Ego detiene la trituradora y permite que Makoto caiga de manera segura en un vertedero de basura a continuación. Algún tiempo después, Kyoko se arroja al vertedero de basura para rescatar a Makoto, proporcionándole comida y un medio de escape, explicando cómo la mente maestra originalmente tenía la intención de que Makoto se convirtiera en la víctima, planeando incriminarla por el asesinato y hacerla ejecutar en lugar. Mientras suben por una escalera gigante, Kyoko dice que recuperó algunos de sus recuerdos, revelándose a sí misma como la detective de nivel Super High School que había venido a Hope's Peak Academy para conocer a su padre, el director, con quien no está en buenos términos. Al regresar al interior de la academia, Makoto y Kyoko se enfrentan a Monokuma, y lo acusan de que simplemente ejecutar a Makoto nuevamente no probaría que la esperanza no puede vencer la desesperación. Por lo tanto, proponen una prueba de clase final de todo o nada con las vidas de todos en la línea, en la que los estudiantes no solo deben determinar el asesino de Mukuro, sino también resolver todos los secretos de Hope's Peak Academy.