Les Émeraudes du Chaos sont de nouveau réparties à travers l'espace alors qu'une grande menace attend Sonic et ses amis. Cosmo, une plante humanoïde, atterrit sur la planète et fait la rencontre des amis de Sonic. Sur Terre, Chris, qui a maintenant 18 ans, tente d'améliorer le portail le menant au monde de Sonic. Blessé dans son combat contre Dark Oak, Sonic est recueilli et soigné par Robotnik, mais s'en va après l'avoir remercié. Un Métarex attaque l'île de Knuckles et l'échidné engage le combat contre celui-ci, aidé de Tails et Cosmo. Sonic arrive en renfort, mais leurs attaques sont inefficaces contre le robot. Volant le cœur de la planète, celui-ci s'enfuit. Cosmo se présente à Sonic et ses camarades et sollicite leur aide. Chris se téléporte dans le monde de Sonic, grâce à l'énergie de l'Émeraude Mère et au portail, mais retrouve son apparence d'adolescent.