Après la bataille de New York, le monde a changé. L'existence de superhéros, bons ou mauvais, a été révélée au monde entier ! Pour protéger la population qui n'est pas prête à affronter cette vérité, et alors que tout le monde le croyait mort, l'agent Phil Coulson reprend du service avec une équipe d'agents secrets au sein du S.H.I.E.L.D. (Strategic Homeland Intervention, Enforcement and Logistics Division). Véritable bouclier humain, le S.H.I.E.L.D. tentera de maintenir la paix...