Alors qu'il vient tout juste de terminer sa formation de policier de l'espace, Shaider est affecté à la protection de sa planète natale, la Terre, menacée par les projets de conquête interplanétaire de Kubilai dont le potentiel destructeur est démontré dans la scène d'ouverture où ses troupes multiplient conquêtes et destructions de planètes. Il se voit également attribué une partenaire, Annie, dont la planète natale a été détruite par le conquérant.