L'arme ultime créée par Nina a ravagée la moitié de Tokyo, faisant des millions de morts. Pris d'une soudaine folie, Zero invective ses troupes, leur ordonnant de chercher Nunnally ; mais Todo les fait battre en retraite. Sur le vaisseau amiral débarque bientôt Schneizel, venu en émissaire diplomatique libérer Cornelia. Et devant un auditoire restreint, il révèle aux Chevaliers Noirs la véritable identité de Zero, et la nature de son pouvoir, le Geass...