Après sa régénération explosive, le Onzième Docteur est propulsé dans le Londres de 1996. Celui-ci fait la connaissance d'une jeune londonienne, Amy Pond, qui devient son assistante. Bientôt rejoint par Rory Williams, petit ami de cette dernière, il se retrouve confronté à l'omniprésence de failles spatio-temporelles menaçant l'univers tout entier. S'ajoutent à cela le retour d'anciens ennemis pour affirmer que les nouvelles aventures du Docteur ne seront pas de tout repos...