Après l'infiltration de la Fondation Phénix par Mason, ancien agent du FBI devenu terroriste, l'organisation a été démantelée. Un an et demi plus tard, les différents membres de l'équipe vivent des vies bien fades en comparaison de leur précédent métier, bien que Mac et Desi soient finalement en couple. Jusqu'à ce que Russel Taylor, le PDG de Spearhead Operations, une société militaire privée, ne prenne contact avec eux et ne reforme la Fondation pour contrer une organisation terroriste mondiale, composée entre autres d'anciens agents de Phénix, avec un seul but : anéantir le monde libre.