A második évadban Sam Bosco ügynök veszi át a Red John ügyet, aki nem hajlandó beavatni Patricket. Az évad folyamán Boscó csapatát kivégzik, így megint Lisbonnál és csapatánál van az ügy. Az évad végén Patrick személyesen is találkozik Red Johnnal, az évad befejező részében: "Red John visszatér".