Pain, dopo avere sconfitto Jiraiya, fa uscire allo scoperto Zetsu che ha seguito tutto il combattimento fra i due. Quest'ultimo è indeciso su quale dei prossimi scontri seguire, quello fra Pain e la forza portante della Volpe a Nove Code o quello fra i fratelli Uchiha. Intanto, Sasuke rintraccia Itachi. Mentre attraversano la foresta, il giovane Uchiha distrugge una copia di Naruto rivelando, finalmente, la sua posizione. I ninja di Konoha si dirigono, allora, all'inseguimento, ma vengono bloccati da Tobi. Intanto, davanti alla Squadra Serpe si para Kisame che lascia passare solo Sasuke dicendo che non permetterà interferenze nello scontro fra i due fratelli. Suigetsu, desideroso di impossessarsi della Pelle di Squalo, ingaggia una lotta con Kisame mentre il team di Konoha fronteggia Tobi. Sasuke, intanto, arriva al covo degli Uchiha, pronto a scontrarsi col fratello maggiore.