Tokyo è in fermento con i persocom, computer umanoidi virtualmente perfetti. Hideki, socialmente e tecnologicamente inetto, non vede l'ora di metterne le mani sopra. Quando trova Chii abbandonata nella spazzatura, è più carina di qualsiasi modello attuale che abbia mai visto prima. Ma quando lui la porta a casa e la accende, lei non ha dati e solo un singolo programma di apprendimento installato. Mentre Hideki mette tutto il suo cuore nell'insegnare a Chii i dettagli dell'umanità, un mistero si svela mentre un oscuro segreto si risveglia.