Quando un Colonnello della Marina muore in un'esplosione in un campo da golf militare, la squadra della NCIS si trova ad indagare su di un sospetto attacco terroristico con l'aiuto dell'Army Criminal Investigative Division (CID). La CIA gli dà un indizio per un magazzino abbandonato, ma risulta essere una trappola: il magazzino è predisposto per esplodere. McGee sfrutta le sue capacità informatiche per entrare nei file segreti del governo e scoprire la cellula terrorista.