Le indagini rivelano che gli incidenti avvenuti nel Villaggio sono dovuti alle trame di qualcuno che agisce per portare avanti le volontà di Danzo Shimura, creatore e leader della Radice. Boruto riesce a usare il potere del suo occhio per entrare nel mondo parallelo in cui si è nascosto il colpevole, possessore del Gozu Tennou, un'arma che utilizza la Nue, una bestia in grado di distruggere il Villaggio. Boruto cerca di convincerlo a cambiare idea, ma riuscirà a cambiare il passato con la forza delle sue parole?