어디선가 날아온 거대 새가 여전히 뱃멀미에 시달리고 있는 가이를 끌고 간다. 가이를 찾아내기 위해 거대새가 날아간 방향에 있는 섬으로 상륙하는 나루토, 야마토, 아오바. 조속하게 가이의 수색을 시작하려 하는 찰나 세 사람은 한 여성을 발견했다. 이야기를 들으려 말을 걸어보는 아오바. 하지만, 왠지 여자는 도망 치듯 집을 떠나 간다. 무심코 뒤를 쫓은 아오바는 도착한 폐허에 있던 자료에서 이 섬에 숨겨진 무서운 비밀을 알게 된다. 한편, 아오바와 헤어져 다른 방향을 가고 있었다 나루토와 야마토는 차례 차례로 나타나는 거대한 생물과 괴물들을 상대로 악전 고투하고 있었다.