마침내 전설의 세 닌자와 만난 나가토 일행, 지라이야는 아이들을 돌봐주기로 하고 처음에는 마음을 열지 못 하던 나가토도 마음을 열게 된다. 그러던 중 위험에 처한 야히코를 구하기 위해 윤회안의 힘으로 닌자를 죽인 나가토는 괴로워하고 지라이야는 그런 나가토를 달래준다. 3년 뒤 지라이야가 떠나고 페인을 리더로 세력을 키워가던 이들 앞에 한조가 접근해 전쟁중인 나뭇잎 바위 모래와 평화협정을 얻어내자고 하고 이를 받아들이지만 이것은 이들에게 비마을을 빼앗길까 두려워한 한조의 함정. 한조는 단조와 손을 잡고 코난을 인질로 잡고 나가토에게 페인을 죽이라고 한다. 야히코는 코난을 구하기 위해 스스로 나가토의 칼에 몸을 던지고 코난과 함께 살아가라고 말하고 죽는다. 절망한 나가토는 윤회안의 힘을 쓰고 페인의 뒤를 이어 리더가 되어 조직을 이끌게 된다.