할머니인 나츠메 레이코의 유품 ‘우인장’을 손에 넣은 나츠메는 경호인 야옹선생과 함께 요괴들에게 이름을 돌려주기로 한다. 그런 나츠메 앞에 이름을 돌려달라며 나타난 츠유카미. 한때 마을 사람들이 자주 찾아와 바치던 공물을 먹으며 지냈던 츠유카미는, 사당을 찾는 사람들의 발길이 끊기자 외로움을 견디다 못해 나츠메를 찾은 것이다. 그러나 츠유카미의 이름이 적힌 우인장의 페이지가 다음 장과 달라붙어, 이름을 돌려주고 싶어도 돌려줄 수 없는 상황이 되었다. 결국 나츠메는 츠유카미, 야옹선생과 함께 츠유카미의 이름과 붙어있는 페이지의 주인공인 또 다른 요괴를 찾아 나선다. 우여곡절 끝에 이름을 되찾은 츠유카미는 유일하게 사당을 찾아준 인간이었지만 얼마 전에 세상을 떠난 하나 씨를 만나게 된다.