학교에서 공부합숙을 떠난 나츠메는 숲 속에서 다른 요괴들에게 괴롭힘을 당하고 있는 꼬마 여우요괴를 도와준다. 엄마를 잃고 혼자 지내던 꼬마여우는 처음에는 겁을 먹고 도망쳤지만, 곧 자신을 도와준 나츠메에게 호감을 갖게 된다. 그리고 나츠메가 우인장을 갖고 있다는 사실을 알고, 자신의 이름을 우인장에 적어 부하로 삼아달라고 조른다. 그러나 꼬마여우가 정을 붙이게 될 것을 걱정한 나츠메는 꼬마 여우를 달래고, 합숙을 마치고 집으로 돌아온다. 얼마 뒤 나츠메가 보고 싶어진 꼬마여우는 배불리 먹을 물고기를 잡아다 달라는 어느 요괴의 부탁을 들어주고, 인간으로 둔갑할 수 있는 약을 받는다. 자신이 살고 있는 산을 떠나 씩씩하게 길을 나선 꼬마여우는 드디어 나츠메를 만나게 된다.