나츠메처럼 요괴를 볼 수 있는 퇴치인 나토리 슈이치가 나츠메에게 온천 여행을 제안한다. 한번도 여행을 떠나본 적이 없는 나츠메는 설레는 마음으로 길을 나서 산속 깊은 곳에 자리한 온천에 도착한다. 즐거운 시간을 보내는 와중에도 뭔가 이상한 기운을 느낀 나츠메는 벽장에서 봉인된 듯한 항아리를 발견한다. 그리고 그날 밤, 봉인을 깨버리고 나온 요괴가 인간들을 내쫓고 온천을 차지하기 위해 이들을 공격한다. 사실 나토리는 이 요괴의 봉인을 확인하기 위해 온천을 찾아왔던 것이었다. 요괴의 계략에 이름까지 되돌려줬던 나츠메는 이번 일에 책임을 느끼고, 나토리를 도와 요괴를 다시 봉인한다. 어린 시절부터 요괴를 보는 것 때문에 숱한 거짓말에 익숙해온 두 사람은 한층 더 가까워진 마음으로 귀가 길에 오른다.