주인공 아오는 오키나와 이와토 섬에서 노의사와 함께 살고 있었다. 행방불명된 어머니를 찾는 여행을 떠나기 위해 불법 어업으로 돈을 버는 나날을 지내는 아오. 그곳에 어느 날 한 대의 FP(Flying Platform, 소형 공중 이동체)가 불시착한다. FP를 운전하던 건 일본군의 의뢰를 받은 짐꾼, 가젤. 아오는 가젤이 짐을 싣는 과정에서 팔찌를 얻는다. 그 순간 섬에 스카브 코랄이 나타나, 이를 노리고 나타난 수수께끼의 몬스터 "시크릿"의 공격이 시작되었다. 이와토는 오키나와 제도 연합과 중국, 일본이 영유권 분쟁 중인 정치적 쟁점. 시크릿을 배제하기 위해 민간기업 "게네라시온 블루"의 IFO부대 "팀 파이드파이퍼"에 출동 의뢰가 전달된다. 아오는 팔찌에 이끌리듯이 일본군 소재의 IFO, 니르바슈에 타버린다. 이제껏 누구도 기동시키지 못 했던 니르바슈가 가동된 건 10년 전의 "그 사건" 이후 처음이었다. 니르바슈와 만난 아오는 팀 파이드파이퍼의 IFO와 함께 시크릿과 싸우게 된다. "후회하긴 싫단 말야"라는 각오를 다짐한 아오. 이것이 과거를 깨닫고 미래를 여는 아오의 여행의 시작이다ㅡ.