Deep in the Valley verweeft een verhaal over jonge romantiek dat zich afspeelt in Yanaka (een deel van het oude centrum van Tokio) met een Japans periodedrama gebaseerd op Five-Story Pagoda, een klassiek literair werk van Rohan Koda. In het hedendaagse verhaal ontdekt Kaori, een jonge vrouw die werkt voor een non-profitorganisatie die homevideo's herstelt, dat er midden op de Yanaka-begraafplaats een pagode van vijf verdiepingen stond. Het brandde af in 1957 af en het gerucht gaat dat iemand een 8 mm-film van de brand heeft.