Scramble City speelt zich af na het tweede seizoen van Transformers en is een verhaal waarin de Cybertrons een geheim laboratorium hebben gebouwd, verborgen in een berg, om een nieuwe superrobot te bouwen, Metroplex, die als mobiele basis voor hen zal dienen. Terwijl Ultra Magnus het voorbereidt, ontdekken de Destrons de locatie en vallen het aan. De Cybertron- en Destron-teams vechten het uit over de berg, waarna Metroplex naar buiten komt en alle Destrons verslaat, maar dan komt Typticon uit het water! Kan Metroplex Trypticon verslaan???