Tijdens de Amerikaanse Burgeroorlog weten vijf krijgsgevangenen in een ballon te ontsnappen. Ze worden ver over de zee gedreven naar een onbekend eiland, ver van de bewoonde wereld. De legendarische kapitein Nemo (wereldster Omar Sharif), die met zijn onderzeeër Nautilus vastzit in een enorme ondergrondse grot, kijkt naar de groep. Wanneer de gestrande mensen worden ontdekt door piraten, helpt Nemo hen met een groot aantal van zijn supertechnologie...