Tytułowy Duane Barry, były agent FBI, uważa, że kilkanaście lat wcześniej został uprowadzony przez kosmitów. Przebywając w zamkniętym szpitalu psychiatrycznym porywa lekarza, a następnie w biurze podróży przetrzymuje zakładników. Mulder zostaje wezwany, aby prowadzić negocjacje z porywaczem. Barry opowiada agentowi, co zdarzyło się na pokładzie statku kosmicznego. W tym czasie Scully zdobywa zaskakujące informacje na temat przeszłości medycznej Barry’ego. Ostatecznie porywacz trafia w krytycznym stanie do szpitala, gdzie badania wydają się potwierdzać wersję o uprowadzeniu i eksperymentach medycznych. Wydostawszy się ponownie ze szpitala Barry napada na Scully.