A história gira em torno de Kaname Chidore, uma das mais populares garotas da escola em que estuda, que vive uma vida normal de estudante do colegial até que um estranho jovem chamado Sousuke Sagara aparece em sua classe. Ela logo descobre que Sousuke faz parte de uma força de elite anti-terrorista e sua missão é protege-la de qualquer um que possa tentar sequestra-la. Como fica revelado mais adiante, Kaname é uma "Whispered", ela possui escondido nos mais profundos cantos de sua mente, o conhecimento de uma tecnologia avançada, muito além da conhecida pelo homem. Várias organizações terroristas estão tentando por suas mãos em Kaname para tomar posse deste conhecimento, a fim de utiliza-lo para construção de poderosas armas de destruição em massa, mais poderosas até que as Bombas Atómicas.