Esta é a história da Suzumiya Haruhi, que ao entrar na escola secundária, anunciou: "Não tenho interesse em humanos normais. Se houverem alguns alienígenas, viajantes do tempo, alguém de outro universo, ou psíquicos, venham ter comigo. É só!" Embora pudesse ser uma simples piada, a Haruhi estava a falar a sério. As coisas aquecem quando ela cria a Brigada SOS, arrastnado estranhos personagens para lá. Depois de algum tempo, Kyon, que nos narra a história, aprende a verdade sobre os outros membros da brigada, e sobre a Haruhi...