Бакстер Стокман проникает в здание ИИКТ и перепрограммирует устройство коконов так, что Черепашки и Сплинтер влияют на воссозданную виртуальную реальность в своих снах, и в ней сражаются с Шреддером во времена феодальной Японии. Тем временем зданиее ИИКТ штурмуют военные, но не они одни хотят в него проникнуть.