Совместная операция ФБР и ЦРУ по задержанию опасного террориста провалена: преступнику удалось бежать. Скалли начинает подозревать Малдера в том, что он специально отпустил террориста, так как сотрудничает с экстремистской антиправительственной организацией, задумавшей крупномасштабное применение новейшего биологического оружия на территории США.