V roku 1961 mimozemský vesmírny koráb prevážajúci vynález z planéty Cybertron stroskotá na odvrátenej strane Mesiaca. Havária je zaznamenaná i prístrojmi v NASA a prezident Kennedy nariaďuje misiu na Mesiac. A tak v roku 1969 posádka Apolla 11 pristane na Mesiaci, a keď sa skončí oficiálna časť prenosu, vydajú sa prehliadnuť havarovanú loď. To, čo objavia, si nechajú pre seba, resp. pre tajné služby. V súčasnosti Autoboti pomáhajú armáde Spojených štátov v oblasti prevencie konfliktov po celom svete a pátrajú po Deceptikonoch, ktorí sa ukrývajú na Zemi. Pri jednej z takých pátracích akcii v Černobyle zistia, že im ľudia zabudli povedať pár zásadných vecí, ktoré ich nakoniec dovedú späť na Mesiac k havarovanej lodi. Sam Witwicky, ktorý s mimozemskými Autobotmi pred niekoľkými rokmi zachránil planétu pre zradnými Deceptikonmi, je znovu vtiahnutý do boja dobrých a zlých transformerov.