NCIS: New Orleans sleduje prípady lokálnej pobočky Námornej vyšetrovacej služby, ktorá sa zaoberá prípadmi týkajúcimi sa vojenského personálu. V čele tímu stojí zvláštny agent Dwayne Pride, neworleanský rodák, ktorého poháňa silná túžba po spravodlivosti. Medzi jeho spolupracovníkmi sú nekompromisný a pracovitý agent Christopher LaSalle a agentka Meredith Brody, charizmatická a prísna vyšetrovateľka, ktorá po preložení do New Orleans hľadá nový začiatok. Pomáhať im bude tiež výstredná, ale inteligentná súdna lekárka Loretta Wade.