«Секретні матеріали» закрили, а Малдера та Скаллі перевели в різні підрозділи. Скаллі викладає патанатомію в Академії ФБР у Квантіко, штат Вірджинія, а Малдер працює в підрозділі, що займається прослушкою. З новим напарником - агентом Алексом Крайчеком та таємничим Іксом, що став новим інформатором замість Бездонної горлянки, Малдер намагається продовжити пошуки правди. Але за іронією долі саме Скаллі переживає ту близьку зустріч, якої прагнув Малдер, вирушаючи в подорож, яка зрештою знову зблизить двох агентів і створить зв’язок, який зробить їх ближчими, ніж будь-коли раніше.