「超能力开发研究所」突然遭到无数不明生命体的攻击,研究所已经完全被破坏殆尽。混乱中,原本在研究所中被实验的超能力者小雷(10岁)与纱绫香(12岁)趁隙逃了出来。数月之后,不明生命体的政击再度出现,这次的目标竟然是纱绫香,翔一闻讯之后立即变身为假面骑士颚门,与G3-X一同前住救援。突然间,G4出现了,他的出现让众人非常惊讶。因为在两个月前,G4的蓝图被盗,它的力量强大,但是穿戴它的人往往受不了而致命,到底是谁偷走G4后又制造它?不明生命体的攻击到底来自何方?假面骑士颚门,G3-X,G4与不明生命体之间的战争即将开打! !