在不远的近未来,人们生活的世界似乎没有什么变化。但事实上,世界各地都传出了源起于异生兽的诡异事件。为了暗中解决这些事件,人类成立了跨国联合性的组织TLT。而其中TLT日本分部的TLT-J中的实战部队“夜袭队”为了铲除异生兽而在不为人知的情况下持续着战斗。 孤门一辉是一名为了救人而选择就职救助队的青年。某日,突然有位谜一般的中年绅士现身在他的面前。这个人的出现大大改变了孤门的人生,孤门因此被选为“夜袭队”的队员。正当孤门对于自己的命运感到迷惑的同时,在他的面前突然出现了谜样的银色巨人。这位银色巨人正是奈克赛斯奥特曼。