母亲很早就过世的主角少女,奈奈美,与海洋生物学者的父亲,史考特与伙伴阿尔(阿尔冯索),还带着朋友堤可这个杀人鲸沿着海洋调查船“佩佩伦奇诺号”一起生活,并在全世界各地旅行者。目的是寻找传说的生物“光明鲸”,不过那却是很难看的到的生物。喜好冒险的女大学生小姐,雪莉儿,史考特大学时学长的儿子,汤玛斯与朋友的加入,为了寻找光明鲸,便向全世界的海洋展开冒险的旅程。 但是,要求寻找发光能源(トロンチウム)的组织“CMC”发现光明鲸有所谓电子能源反应的事情,而CMC他们捕获了光明鲸,并且开始生态调查。但是不赞成人类为了追求技术进步,而要牺牲其他的生物的史考特,因而进入了CMC里面。