Die Evangelion-Piloten Shinji, Asuka und Rei, sowie die EVA-Einheit 01 und der Rest der Truppe, erleben weitere Abenteuer auf einer nicht ganz so normalen Schule in Tokyo-3. Von Klausuren über diverse Putzorgien der Klassenzimmer bis hinzu eher langweiligen Unterrichtsaktivitäten hat die Gruppe eine Menge Spaß und unterhaltsame Stunden. Einzig und allein vor Rektor Ikari und der Lehrerin Misato müssen sie sich in Acht nehmen, denn wer beim Rumalbern oder Schlafen erwischt wird, dem droht Ärger.