Nagato aún sigue contando su pasado, y el entrenamiento que recibió de Jiraiya, la formación de una organización liderada por Yahiko que buscaba la paz, pero esta era muy difícil de encontrarla ya que las tres grandes naciones ninjas seguían en guerra (Konoha, Lluvia y Arena), Hanzō los contacta para ser intermediarios, pero era una trampa ideada por él para matar a Yahiko; Yahiko muere y Nagato libera su verdadero poder derrotando a todos los subordinados de Hanzō.