Lorsque l'armée de Gengis Khan pénètre à son tour en Perse au XIIIe siècle, elle laisse dans son sillage des villes en ruine. L'âge d'or islamique est révolu ; l'islam lui-même est menacé car les nouveaux dirigeants mongols sont païens. Pour la première fois depuis l'invasion musulmane, la Perse devient une entité distincte du reste du monde musulman.