Madara se rend au village d’Ame pour demander à Konan où elle a caché le corps de Nagato ; il lui explique qu’il est celui qui lui a donné le Rinnegan et qu’il voudrait le récupérer. Konan lui explique pourquoi ils ont trahi Akatsuki pour faire confiance à Naruto et engage le combat. Au moment où Madara tente de l’aspirer, elle essaie de se faire exploser avec lui, mais ce dernier parvient à déjouer l’attaque au prix d’importantes blessures pour eux deux. Durant le combat, Konan revoit en flash-back sa jeunesse et ses combats à côté de ses amis Nagato et Yahiko, qu’elle considérait comme un « pont vers la paix » dont elle voulait être le pilier. Ses amis ayant légué leurs rêves à Naruto, elle compte tout donner pour détruire Madara, qu’elle voit comme l’« obscurité empêchant les fleurs de s’épanouir » ; elle déclenche une technique ultime, et la mer autour d’eux se change en un océan de feuilles de papiers…