Plusieurs mois après l'attaque de Pain, Jiraiya revient au village avec des informations concernant l'Akatsuki, l'organisation qui s'en prend actuellement aux villages ninja et qui kidnappent leurs Kage et Jonin. Il leur apprend que Sasuke travaille désormais avec eux. Malgré tout, Naruto est déterminé à ramener son ami Sasuke, une fois pour toutes à Konoha !