Plusieurs semaines se sont écoulées depuis la mystérieuse disparition de l'agent Dana Scully. Une dernière fois, Fox Mulder fouille le bureau de sa collègue, à la recherche d'un éventuel indice. L'agent du FBI, spécialiste des sciences occultes et des phénomènes inexpliqués, s'apprête à partir pour Los Angeles, où on l'attend pour élucider une série de meurtres...