Jane scopre che Lydia, la ragazza che aspetta un figlio da Frank Rizzoli, suo padre, o da Tommy Rizzoli, suo fratello, è ospite a casa di Maura. Jane è terrorizzata all'idea che Angela possa scoprire la verità. Nel frattempo Shane, il cantante di una boy band composta da tre fratelli, viene assassinato brutalmente. Il giovane era un vecchio amico del fratello di Jane.