Drie weken na de vernietiging van zowel Primatech als Pinehearst, en de dood van Arthur Petrelli, keert de nu gemene Nathan terug uit wraak door de Amerikaanse president en de regering ervan te overtuigen alle mensen met capaciteiten op te pakken, wat leidt tot Claire, Ando, Hiro Matt, Peter en Tracy zullen voortvluchtigen worden van de mensen die hun voormalige bondgenoten waren.