Agent Coulson je späť v hre bezprostredne po bitke v New Yorku, a teraz, keď sa existencia superhrdinov a mimozemšťanov stala verejne známou, sa svet snaží vyrovnať s touto novou realitou. Coulson sleduje záhadnú skupinu s názvom The Rising Tide. Aby bolo možné tohto neviditeľného a neznámeho nepriateľa dopadnúť, zostaví malú skupinu vysoko špecializovaných agentov z tajnej organizácie S.H.I.E.L.D.. Ich prvou úlohou spoločne ako tím bude vystopovať obyčajného muža, ktorý získal výnimočné schopnosti. Schopnosti, ktoré by mohli mať devastujúce následky.