När nu Arkiv X är stängt, har Scully blivit satt som lärare på FBI-akademin, medan Mulder gör meningslöst övervakningsjobb. Efter ett möte med Senator Matheson, en av de som stöder Arkiv X återöppnande, väljer Mulder att inte lyda order, och åker till en övergiven SETI-plats i Puerto Rico, som oförklarligt har återaktiverat sig själv, och innehåller bevis på utomjordiskt liv.